困惑一：成功固然可喜，失败又该何去何从？
MES系统选型和实施过程中，应采取如下一些措施保障MES系统价值的实现，如：
1、进行生产流程优化，以流程管理保障生产流、信息流的通畅；
2、进行信息资源规划，预测“信息”在各个生产环节的利用程度，以信息共享代替信息孤岛，实现MES的应用价值；
3、进行MES系统模块的统一规划，优先实施生产协同性好的模块，保证先期实施的系统产生生产协同价值。

困惑二：企业特色Vs.管理规范？
1、完全采用MES系统先进方法，牺牲企业自身特色；这种在于实施周期短，系统功能完善；缺点在于生产人员适应周期长。
2、遵循企业生产管理特色，对MES系统进行“大手术”；这种和1则相反，实施周期长，系统出错率高；优点在于生产人员适应周期短。
3、既采用MES系统的先进方法，又满足企业生产管理特色。这是一种折中的方法，关键在于把握其中的度。

困惑三：自主开发Vs.选择成熟产品？
一种是选择成熟产品咨询实施模式，一种是自主建设模式。

困惑四：继承历史Vs.全新实施？
第一，保证实现新建系统的目标；第二，在第一条的前提下尽可能使历史系统的价值最大化。